Au cours des programmes de recherche, l’IME a développé ou développe les partenariats suivants :
Centre Hospitalier Pitié-Salpétrière : Service d’Anatomie et Cytologie Pathologiques
Centre Hospitalier et Universitaire de Bordeaux : Service de Médecine Interne et Maladies Infectieuses
Centre National du Cancer de Tokyo
CNAM : Laboratoire de Biochimie
Faculté de Médecine de Brest : Laboratoires de Biochimie-Nutrition
Hôpital Cantonal Universitaire de Genève : Laboratoire de Nutrition
Hôpital de l’hôtel-dieu de Lyon : Service de Réanimation
I.N.S.E.R.M. U75 (Necker) : Laboratoire de Biochimie Métabolique et Pharmacologique
Institut Curie : Laboratoire de Génotoxicité et Cancérogenèse
Institut Pasteur de Lille : Service de Nutrition
Université de Californie : Laboratoire National Lawrence Livermore
Université Paul Sabatier de Toulouse : Laboratoire de Toxicologie des Aliments
Université Paris 8, Laboratoire Cognition & Usages, Pr. Farid El Massioui
Fondation Pilèje (Comité Scientifique)
Sodexo (Comité Scientifique)
Protéika - Nestlé Nutrition